倒置生物顯微鏡有用倒置顯微鏡機身結構優勢，載物臺位于物鏡上方，所以工作距離比較大，可以用它觀察大件樣品，如果培養皿/培養瓶中的細胞，不需要像正置生物顯微鏡那樣將樣品采集到在載玻片中使用。